Территория парка общей площадью 118 380 гектар состоит из трех отдельных участков (кластеров): «Сайлюгем», «Уландрык» и «Аргут». Два первых кластера расположены в непосредственной близости друг от друга на северном макросклоне хребта Сайлюгем. Южной границей участков является государственная граница Российской Федерации и Монголии. Участок «Аргут» находится на отрогах Катунского и Северо-Чуйского хребтов в непосредственной близости от государственной границы России и Казахстана. Проект соответствующего распоряжения глава Минприроды России Сергей Донской направил в Правительство РФ. Национальный парк «Сайлюгемский» был учрежден в 2010 г. с целью сохранения биоразнообразия Республики Алтай, редких и исчезающих видов, занесенных в Красную книгу РФ, среди которых снежный барс и аргали (горный баран). Его площадь превышает 100 тыс. га. В настоящее время ведется заключительная работа по наделению всех участков, входящих в состав нацпарка, статусом охраняемых земель. В частности, согласно проекту распоряжения, планируется перенести из состава земель лесного фонда РФ участок площадью свыше 8 тыс. га. Ранее, в 2014г., с целью организации «Сайлюгемского» национального парка, в категорию земель особо охраняемых территории были переведены 2 участка земель запаса Республики Алтай площадью порядка 100 тыс. га. В дальнейшем Минприроды России планирует создание трансграничной четырехсторонней биосферной территории «Алтай», которое будет происходить поэтапно. Проект имеет международное значение и позволит укрепить сотрудничество в природоохранной сфере между Россией, Казахстаном, Монголией и Китаем. Предполагается, что со стороны России в состав данной биосферной территории войдут нацпарк «Сайлюгемский» и биосферный заповедник «Катунский» (Республика Алтай), со стороны Казахстана – нацпарк «Катон-Карагайский», со стороны Китая – нацпарк «Канас», со стороны Монголии – нацпарк «Сайлюгемский», а также другие трансграничные ООПТ Алтае-Саянского региона.